Wdrożenie KSeF w podmiotach medycznych narzuca nie tylko zmianę formy faktury, ale też konieczność uporządkowania zasad nadawania, zakresu oraz delegowania uprawnień w systemie. KSeF działa w oparciu o precyzyjnie określone role użytkowników, a błędy w ich przypisaniu mogą prowadzić do problemów organizacyjnych, finansowych, a nawet prawnych.