Przepisy ustawy o swobodzie działalności gospodarczej nie współgrają z systemem finansowania świadczeń opieki zdrowotnej. Oznaczają konieczność stosowania różnych procedur w czasie kontroli, wynikających z cywilnego charakteru umowy między NFZ a świadczeniodawcą i postępowania administracyjnego.

Nowe warunki umów o udzielanie świadczeń opieki zdrowotnej zaostrzają zasady nakładania przez Narodowy Fundusz Zdrowia kar umownych na świadczeniodawców.