Podczas prowadzonej kontroli kontroler ustala stan faktyczny na podstawie zebranych dowodów. Dowodami w postępowaniu kontrolnym mogą być zwłaszcza dokumenty, rzeczy, wyniki oględzin, opinie biegłych, pisemne wyjaśnienia i oświadczenia.

Świadczeniodawca ma obowiązek przedstawić NFZ żądaną dokumentację oraz udzielić wszelkie informacje i pomoc niezbędne w związku z prowadzoną kontrolą (art. 64 ustawy o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych).