Działania NFZ zakłóciły konkurencję na rynku. Taką decyzję wydał Urząd Ochrony Konkurencji i Konsumentów w grudniu 2013 r. Została ona utrzymana przez Sąd Ochrony Konkurencji i Konsumentów w wyroku z 17 listopada 2015 r. (sygn. akt XVII AmA 58/14).

Urząd w 2013 roku stwierdził, że Narodowy Fundusz Zdrowia nadużywał pozycji dominującej. Uznał, że kryteria oceny ofert przedsiębiorców ubiegających się o kontrakt na świadczenie usług rezonansu magnetycznego i tomografii komputerowej stosowane przez dolnośląski oddział NFZ dyskryminowały nowych świadczeniodawców.