W zakresie zatrzymania wadium istnieją wątpliwości i różnice interpretacyjne. Niezależnie od przyjętego przez placówkę rozwiązania należy pamiętać, że w każdym przypadku wymagane jest z badanie przyczyny niewywiązania się wykonawcy z wezwania do uzupełnienia braków w dokumentach.

Szpitale w prowadzonych przez siebie procedurach przetargowych, np. na zakup sprzętu czy dostawę leków, często stają przed dylematem zatrzymania bądź nie wniesionego przez wykonawcę wadium. Wszystko wydawałoby się proste, gdyby wykonawcy przystępujący do postępowania składali kompletne oferty. Wówczas instytucja wadium nie przysparzałaby żadnych problemów. Obecnie podjęcie decyzji, czy zatrzymać wadium, jest dla szpitali problematyczne, ponieważ mamy w tym zakresie dwie możliwe drogi postępowania.