Po zakończeniu postępowania kontrolnego sporządza się protokół z jego przebiegu. Protokół kontroli powinien zawierać zbiór ustaleń dotyczących działalności kontrolowanej jednostki w zakresie objętym kontrolą.

Ustalenia kontroli powinny być opisane w protokole w sposób uporządkowany, przejrzysty, logiczny i zrozumiały. Wszelkie ustalenia faktyczne muszą być poparte stosownymi dowodami, nie powinny być jedynie gołosłownymi twierdzeniami kontrolujących.