W wyjątkowych sytuacjach prawa pacjenta mogą zostać ograniczone. Jednak wtedy zarówno lekarz, jak i kierownik podmiotu leczniczego, korzystający z możliwości niezastosowania lub ograniczenia praw pacjenta, muszą być przygotowani na konieczność uzasadnienia swoich decyzji.

Procedury w zakresie przestrzegania praw pacjenta są ważnym elementem bezpieczeństwa każdego podmiotu prowadzącego działalność leczniczą. Ich zawinione naruszenie to ryzyko zapłaty zadośćuczynienia (na podstawie art. 448 kc), a gdy dojdzie do szkody po stronie pacjenta – ryzyko wypłaty odszkodowania na zasadach ogólnych. Nie oznacza to jednak, że bezwzględnie, w każdym przypadku, prawa pacjenta są priorytetem ponad innymi dobrami, zwłaszcza takimi jak ogólne bezpieczeństwo zdrowotne pacjentów, ich życie i zdrowie. Są to oczywiście sytuacje wyjątkowe i dlatego uregulowano je w ustawie z 6 listopada 2008 r. o prawach pacjenta i Rzeczniku Praw Pacjenta (dalej ustawy o prawach pacjenta). To kierownik podmiotu leczniczego decyduje, które prawa pacjenta ograniczyć i w jakim zakresie.